'Bunu siz yaptınız'

Guernica'nın resmi nüfusu yaklaşık beş bindi. Ayrıca Cumhuriyetçiler'in kontrolündeki bölgeye doğru kaçmakta olan sayısız göçmen de şehirde bulunuyordu. Saldırının gerçekleştiği pazartesi günü, şehirde her hafta pazarın kurulduğu gündü. Pazar için çevre bölgelerden gelmiş olan kişiler de Guernica'da bulunmaktaydı. Yine de bombardımanın gerçekleştiği pazatesi günü pazarın kurulmuş olup olmadığına ilişkin tarihsel bir tartışma halen sürmektedir. Bask Hükümeti, bombardıman öncesinde, yolların bloke olmasını ve büyük toplantıları önlemek için, pazarların kurulmasını bir süreliğine yasaklamıştı. Böyle bir yasaklamanın varlığı kesin olarak bilinse de, Guernica dahil pek çok bölgede bu yasak uygulanmıyordu. Bu yüzden, çoğu tarihçi o gün şehirde pazarın kurulmuş olduğunu kabul etmektedir. Kondor Lejyonu tamamıyla Milliyetçi güçlerin emrindeydi. Saldırı emri, Kondor Lejyonu komutanı olan Oberstleutnant Wolfram von Richthofen'a İspanyol komuta merkezinden gönderildi. Saldırının asıl amacının ne olduğu halen zaman zaman tartışılsa da, saldırıyı planlayan ve yöneten komutanın 1970'lerde kamuya açıklanan günlüğündeki kayıtlara göre Guernica saldırısı Milliyetçi güçlerin bölgedeki yayılımını artırmaya yönelik daha büyük bir planın parçasıydı ve bölgede yer alan Faşist güçlerin bu saldırı ile desteklenmesi amaçlanıyordu. Guernica'nın stratejik önemini, saldırıdan önce daha Bilbao'dayken fark eden Richthofen, Cumhuriyetçiler'in geri çekilme yollarını kısıtlamak için, Renteria banliyösündeki yolların ve köprünün bombalanmasını emretti. Guernica saldırısında köprünün tahrip edilmesi birinci amaçtı, çünkü bu saldırı, Milliyetçi güçlerin Marquina civarındaki Cumhuriyetçiler'e karşı başlattığı harekatı desteklemek için yapılmıştı. İkincil amaç ise Cumhuriyetçiler'in araç ve mühimmat trafiğini kesmek ve etrafta enkaz yığınları yaratarak köprünün tamir edilmesini engellemekti. Bu amaçları yerine getirmek üzere, iki Heinkel He 111, bir Dornier Do 17, on sekiz Junkers Ju 52 ve üç İtalyan Savoia-Marchetti SM.79 uçağı görevlendirildi. Uçaklar, 250 kg'lik orta yüksek patlayıcılar, 50 kg'lik hafif patlayıcılar ve 1 kg'lik yangın bombaları ile donatıldı.[5] Yirmi dört bombardıman uçağının toplam cephane yükü yirmi iki tondu. Ayrıca ertesi gün için, Messerschmitt Bf 109 uçaklarının kullanılacağı bir takip bombardımanı da planlandı. 26 Mayıs günü Richthofen'a gelen saldırı emri şöyleydi: "Derhal başlamak üzere: Marquina-Guernica-Guerriciaz yakınlarındaki caddelerde serbest bombardıman görevi için A/88 ve J/88. K/88 (Guerriciaz'dan döndükten sonra), VB/88 ve İtalyanlar Guernica'nın doğusundaki caddelere ve köprüye (banliyö dahil). Eğer düşmanın personel ve mühimmatını engellemek istiyorsak, oradaki trafiği durdurmalıyız. Vigon, Guernica'nın güneyideki caddeleri askerleriyle kapatmayı kabul etti. Bu başarıyla sonuçlanırsa, düşmanı Marquina etrafında kıstırmış olacağız." Birinci hava akını Guernica'ya yaklaşık 16:30'da vardı. Güneyden yaklaşan bir Dornier Do 17, yaklaşık yirmi adet 50 kg'lık bomba bıraktı. 15:30'da Soria'dan havalanan üç İtalyan SM.79 uçağının, ikinci akın olarak "düşmanın geri çekilmesini engellemek amacıyla, Guernica'nın doğusundaki yolu ve köprüyü bombalaması" emredilmişti. Bu uçaklara şehri bombalamalarına ilişkin bir emir verilmemişti. Kuzeyden güneye doğru altmış saniyelik bir tek geçiş sırasında bu üç uçak, otuz altı hafif patlayıcı bomba bıraktı. Vidal'e göre bu akının ardından şehirdeki hasar "nispeten sınırlıydı... birkaç bina hasar görmüştü". Bu binalar arasında San Juan Kilisesi ve Izquierda Republicana'nın (Cumhuriyetçi Sol Parti) genel merkezi de bulunuyordu. Ardından ilk saldırının son üç akını yapıldı ve akınlar yaklaşık 18:00'de sona erdi. Üçüncü akın, bir Heinkel He 111 ile ona eşlik eden Corrado Ricci yönetimindeki beş Aviazione Legionaria savaş uçağı tarafından gerçekleştirildi. Dördüncü ve beşinci akınlar çift motorlu Alman uçakları tarafından yapıldı.